El término "functional food" surge por primera vez hace 14 años en Japón, donde actualmente los alimentos funcionales gozan de una gran aceptación y demanda. Este país fue pionero en establecer un sistema de aprobación para los alimentos funcionales, basado en resultados de investigaciones sobre los beneficios para la salud de productos concretos o de sus componentes. De este modo, en la década de los 80 se publicó la reglamentación para los "Alimentos para uso específico de salud" ("Foods for specified health use" o FOSHU), referidos a aquellos alimentos que contienen componentes que desempeñan una función favorable y específica en las funciones fisiológicas del organismo humano, que van más allá de su contenido nutricional.

En Europa, no fue hasta mediados de la década de los ochenta cuando tuvo lugar la creación de un proyecto relativo a los alimentos funcionales por un grupo de expertos coordinado por el ILSI (International Life Sciences Institute).

En abril de 1996 se celebró en Francia la primera reunión plenaria en la que se discutió el estado actual de la ciencia de los alimentos funcionales. De acuerdo a los resultados obtenidos, se establecieron diferentes áreas de aplicación de los alimentos funcionales: crecimiento y desarrollo, metabolismo y utilización de sustancias, defensa antioxidante, prevención y tratamiento de enfermedades o factores de riesgo cardiovascular, fisiología o función del tracto gastrointestinal, comportamiento y funciones psicológicas.

La segunda reunión plenaria tuvo lugar en julio de 1997 en Helsinki y se celebró una tercera en Madrid, a finales de 1998. El primer documento de consenso sobre conceptos científicos en relación con los alimentos funcionales fue elaborado en 1999.

Hoy día se sigue investigando para definir y obtener un mayor conocimiento acerca de los alimentos funcionales, sus propiedades y efectos sobre las funciones fisiológicas del cuerpo humano.