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La Generalitat catalana declaró, en 1998, la zona del bajo Ter como vulnerable y estableció una serie de medidas correctoras. El Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas ha admitido ahora a trámite una demanda contra España por posible contaminación del acuífero en la zona citada.
Los hechos se remontan en el año 2000, cuando el Grupo de Defensa del Ter envío una queja a la Comisión Europea en la que denunciaba la contaminación del acuífero del Baix Ter, situado en la provincia de Girona, así como del agua suministrada en algunos municipios del Empordà como consecuencia de la proliferación de instalaciones porcinas intensivas en la zona. El Departamento de Medio Ambiente declaró esta zona como "zona vulnerable" mediante el Decreto 238/1998, en relación con la contaminación de nitratos procedentes de fuentes agrarias.
La declaración de una zona como vulnerable implica el establecimiento de un Código de buenas prácticas agrarias en relación con el nitrógeno que es de obligado cumplimiento. También se establecieron medidas excepcionales para la protección de las aguas y las fuentes de abastecimiento público afectadas por nitratos. En este sentido, Medio Ambiente aprobó medidas ambientales de prevención y corrección de la contaminación de las aguas por nitratos que se aplican en las zonas vulnerables.
Además, las medidas incluyen la regulación, mediante el Decreto 220/2001, de las medidas de control en la gestión (incluido el transporte) de las deyecciones ganaderas y de los fertilizantes nitrogenados minerales. Estas medidas se instrumentalizan mediante los preceptivos planes de gestión y libros de las deyecciones ganaderas y los planes de fertilización para la aplicación del nitrógeno.
Las autoridades catalanes ampliaron las medidas con medidas aplicadas en otros países como Holanda, donde se ha trabajado para establecer cambios en la alimentación de los animales mediante la formulación de piensos. Además, Medio Ambiente ha puesto en marcha un programa de medidas de gestión de los recursos hídricos en las zonas vulnerables a la contaminación por nitratos que consisten en nuevas captaciones de agua o conexiones a redes alternativas. A pesar de todas estas medidas, Medio Ambiente ha reconocido que la recuperación de los acuíferos es muy lenta.
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