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La prevención de la presencia de determinados riesgos en las zonas de captura o producción es, en ocasiones, muy difícil. La naturaleza no puede ser cambiada fácilmente y los agentes patógenos naturalmente presentes en el pescado y productos de la pesca (algunas bacterias patógenas, parásitos, biotoxinas) siempre estarán presentes, aunque la contaminación química y fecal (algunas bacterias patógenas y enterovirus) pueden ser prevenidas con un cierto coste.
Las medidas a considerar serían: faenar en zonas de calidad de agua satisfactoria, dotación de buques en los que se puedan mantener las condiciones de higiene y temperaturas adecuados, realizar prácticas de captura y faenado adecuadas para evitar contaminaciones tanto químicas como biológicas, controlar y monitorizarlas áreas de pesca para evitar la presencia de algas tóxicas y contaminación fecal.
En la acuicultura, el lugar de ubicación debe ser vigilado y autorizado por la autoridad competente, siendo fundamental que el productor supervise el control de los piensos y adopte unas buenas prácticas de producción para evitar la presencia de residuos en el pescado.
En el procesado del pescado y productos de la pesca las bases de prevención se basan en la implementación de sistemas para salvaguardar la seguridad del alimento siguiendo la metodología del análisis de peligros y puntos críticos de control (APPCC), considerando especialmente el diseño higiénico de equipos e instalaciones, control de que la relación tiempo/temperatura durante el procesado sea el adecuado, control de la limpieza y desinfección, así como de las buenas prácticas de manipulación.
Una fase importante a considerar es la distribución del producto, siendo un factor fundamental el control estricto en el mantenimiento de la cadena del frío durante la distribución a los mercados. Así como, proporcionar al consumidor la información necesaria en temas de seguridad alimenticia al que compete la responsabilidad de almacenar, manipular y cocinar los alimentos, teniendo en cuenta que uno de los grandes problemas de las toxiinfecciones alimentarias producidas por los productos de la pesca es su consumo de forma cruda o insuficentemente cocido.
Además es necesario una mejora de las normas de etiquetado. En el RD 331/1999, de 26 de febrero, de normalización y tipificación de los productos de la pesca, frescos, refrigerados o cocidos se establece, en aras de una mayor transparencia en el mercado, la obligación de indicar en la etiqueta del envase o embalaje diversas especificaciones entre las que se encuentran el país de origen, forma de captura, categoría de calibre, denominación científica y comercial de la especie, peso neto y lo que es muy importante la categoría de frescura y la fecha en que se determinó.
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